其中，“Fe()-E”表示結合在酶上的血紅素基團（E）的中心鐵原子（Fe）。Fe(IV)-E(.+）為Fe(V)-E的一種共振形式，即鐵原子并沒(méi)有完全氧化到+V價(jià)，而是從血紅素上接受了一些“支持電子”。因而，反應式中的血紅素也就表示為自由基陽(yáng)離子（.+).過(guò)氧化氫進(jìn)入活性位點(diǎn)并與酶147位上的天冬酰胺殘基（Asn147）和74位上的組氨酸殘基（His74）相互作用，使得一個(gè)質(zhì)子在氧原子間互相傳遞。自由的氧原子配位結合，生成水分子和Fe(IV)=O。Fe(IV)=O與第二個(gè)過(guò)氧化氫分子反應重新形成Fe(III)-E，并生成水分子和氧氣。[12]活性中心鐵原Chemicalbook子的反應活性可能由于357位上酪氨酸殘基（Tyr357）的苯酚基側鏈的存在（幫助Fe(III）氧化為Fe(IV））而得以提高。反應的效率可能是通過(guò)His74和Asn147與反應中間體作用而得以提高。[12]該反應的速率通?？梢酝ㄟ^(guò)米氏方程來(lái)確定。過(guò)氧化氫酶也能夠氧化其他一些細胞毒性物質(zhì)，如甲醛、甲酸、苯酚和乙醇。這些氧化過(guò)程需要利用過(guò)氧化氫通過(guò)以下反應來(lái)完成：同樣，具體的反應機制還不清楚。任何重金屬離子（如硫酸銅中的銅離子）可以作為過(guò)氧化氫酶的非競爭性抑制劑。另外，劇毒性的氰化物是過(guò)氧化氫酶的競爭性抑制劑，可以緊密地結合到酶中的血紅素上，阻止酶的催化反應。